砀山银杏树球花雌雄异株，单性，生于短枝顶端的鳞片状叶的腋内，呈簇生状。雄球花葇荑花序状，下垂，雄蕊排列疏松，具短梗，花药常2个，长椭圆形，药室纵裂，药隔不发；雌球花具长梗，梗端常分两叉，稀3-5叉或不分叉，每叉顶生一盘状珠座，胚珠着生其上，通常仅一个叉端的胚珠发育成种子，内媒传粉。它的雄花花粉萌发时仅产生两个有纤毛会游动的精子。4月开花，10月成熟，种子具长梗，下垂，常为椭圆形、长倒卵形、卵圆形或近圆球形，长2.5-3.5厘米，径为2厘米，假种皮骨质，白色，常具2（稀3）纵棱；内种皮膜质。种皮肉质，被**，外种皮肉质，熟时黄色或橙黄色，外被**，有臭叶；中处皮白色，骨质，具2-3条纵脊；砀山银杏树内种皮膜质，淡红褐色；胚乳肉质，味甘略苦；子叶2枚，稀3枚，发芽时不出土，初生叶2-5片，宽条形，长约5毫米，宽约2毫米，先端微凹，第4或第5片起之后生叶扇形，先端具一深裂及不规则的波状缺刻，叶柄长0.9-2.5厘米；有主根。