选种留种用的植株，在收获时选留，经翌年生长抽苔，方能采种。留种方法有三种：（1）原地留种：在收获时间隔留下一部分根不收挖，使株距达60厘米左右，原地越冬。（2）随收获随移栽：收获时，选主根无分叉、拇指粗细健壮的根作种根，按株行距60厘米X60厘米栽植于已准备好的种子田，栽时挖30厘米深的穴，施穴肥后将种根栽于穴内，填土踏实、浇水。（3）窖藏越冬：北方温度很低的地方，将选好的种根置于地窖砂藏越冬，翌春栽于种子田，方法同随收随栽。留种白芷6-7月抽苔开花、结籽，8月种子陆续成熟。因主茎顶端种子形成的植株易提前开花，其根常不能人药，而主茎花序下部以及二、三级花序枝结的种子一般不饱满。因此采种时，应当选采主茎花序中部一级枝上结的种子。生长较好的母株，选有关部位上的种子，播后出苗率高，成活率也**，因此尽量选采生长较好的母株上主茎花序中部一级枝上结的种子。每亩种子田可收获种子120-150kg。7-8株所产的种子即可供一亩地播种之用。