美早樱桃苗的根系分为主根、侧根和须根三部分,主根不发达,侧根和须根较多.根系因砧木种类、繁殖方式、土壤类型的不同而有差异.(1)砧木的种类不同目前生产上常用的美早樱桃苗的砧木主要有中国樱桃、酸樱桃、考特、马扎德、马哈利、吉塞拉等种类.中国樱桃为砧木时,须根发达,但根系分布浅,固地性差,不抗风,易倒伏.相比而言,马哈利砧木的根系较发达,其根系主要分布在5~30厘米深的土层里.以山樱桃为砧木时,根系发达,固地性强,较抗风害,欧洲酸樱桃和山樱桃实生苗根系比较发达,可发育3~5条粗壮的侧根.(2)砧木的繁殖方法不同实生砧木形成的骨干根、垂直根较发达,根系分布层较深,固定性较好,但个体间往往差异较大,易造成树体大小不一,中国樱桃的实生苗,在种子萌发后有明显的主根,但当幼苗长到5~10枚真叶时,主根发育减弱,由2~3条发育较粗的侧根代替,因此,中国樱桃实生苗无明显主根,须根发达,水平伸展范围广,根系一般集中分布在5~35厘米土层内,以20~35厘米土层;扦插、分株和压条三种无性繁殖苗木的根系由茎上产生的不定根发育而成,垂直根不发达,根系在土壤中的分布层较浅,固定性较差;水平根发育强健,须根量较大,