手指柠檬植株矮小，11年生树平均高1米，**0.36米，树冠平均0.63米×0.63米。树冠紧密，枝细节密，具细小茸毛，嫩梢嫩叶带紫红色，刺多而细小，叶小，长0.87厘米，宽0.5厘米，倒卵形，先端凹口明显，叶柄短，无翼叶。
一年多次开花，花蕾小，白色，微显紫红色，花瓣白色，3瓣，花径1-2厘米，盛开时先端向外卷，花丝12枚，分离，花柱短，子房长椭圆形。果实形如手指，先端尖，有的弯曲，基部略窄平。果皮淡黄色，果面油胞密凸，油胞小，果面有纵沟4-5条，横断面果皮薄0.15厘米，囊瓣4-5瓣，囊壁薄，膜质。汁胞粒状、小、有柄，彼此分离，具粘性，白色透明，似珍珠。种子小，约30粒，短卵形，一面平滑，基嘴钝尖，外种皮黄白色，内种皮淡紫色，合点紫色，子叶淡绿色，胚乳白色，单胚。